ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტის მისიას წარმოადგენს ცოდნის შექმნა, გადაცემა და გამოყენება მეცნიერების წინსვლისა და საზოგადოებრივი განვითარებისთვის როგორც ადგილობრივ, ისე საერთაშორისო დონეზე.
ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტის მისია ეყრდნობა ერთიანობის სამ პრინციპს:
ა) კვლევისა და სწავლების ერთიანობა – ცოდნის შექმნა და გადაცემა ხდება ერთი და იმავე ადამიანების მიერ, ხოლო სტუდენტებს ეძლევათ საშუალება, მონაწილეობა მიიღონ ცოდნის შექმნის პროცესში. ილიაუნის სასწავლო გარემო და მთლიანად მისი წარმართვის პროცესი ეფუძნება ჰუმბოლდტიანურ მოდელს და უმაღლესი განათლების იდეალს , რომლის ძირითადი იდეა არის კვლევისა და სწავლების ჰოლისტიკური კომბინაცია. ეს მოდელი აერთიანებს სწავლებას კვლევასთან, როგორც ყოვლისმომცველი მიდგომა ზოგადი სწავლისა და საფუძვლიანი ცოდნის მისაღებად.
ბ) ზოგადი განათლებისა და სპეციალიზაციის ერთიანობა– ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტი ერთ-ერთ პირველ დაწესებულებას წარმოადგენს, რომელმაც საქართველოს უმაღლეს საგანმანათლებლო სივრცეში შემოიტანა ლიბერალური განათლებისა და თავისუფალი მეცნიერების მნიშვნელოვანი ელემენტები და ის აგრძელებს ამ ელემენტების შენარჩუნებასა და გაძლიერებას, უზავებს რა მათ სპეციალიზაციის ძლიერ და მკაცრ მოთხოვნებს;
გ) უნივერსალურისა და ლოკალურის ერთიანობა, რაც, ერთი მხრივ, გულისხმობს მეცნიერების, როგორც საყოველთაო და უნივერსალურად გაზიარებადი ცოდნის წარმოებას და გადაცემას, მეორე მხრივ კი – რეგიონული, ეროვნული და ლოკალური გამოწვევების საპასუხოდ ახალი ცოდნის გენერირებას, გადაცემას და იმპლემენტაციას; ამასთანავე ქვეყნისთვის უმნიშვნელოვანეს გარდამავალ პერიოდში, ევროინტეგრაციის კონტექსტში უნივერსიტეტის საზოგადოებრივი მისიის გაძლიერებას.
